Mang‘itlar sulolasidan bo‘lgan Buxoro amiri.Otasi Nasrulloxon davrida Karmanaga hokimlik qilgan. Amir Nasrullo vafotidan so‘ng, Buxoro taxtiga o‘tirgan. Otasi tomonidan Karmanaga surgun qilingan kishilarni Buxoroga qaytarib, yuqori lavozimlarga tayinlagan. Markaziy hokimiyatga bo‘ysunishni istamayotgan Hisor, Shahrisabz, Darboz, Ko‘lob, Baljuvon bekliklari va Qo‘qon ustiga yurish qilib, ularning qarshiligini yengdi (1863-1865). Mallaxon tomonidan taxtdan tushirilgan Qo‘qon xoni Xudoyorxon Buxoroga qochib kelganida xonlik taxtini qayta egallashi uchun unga harbiy yordam bergan (1861). Muzaffarning hukmronlik davri Rossiyaning O‘rta Osiyo xomliklariga qarshi harbiy harakatlari kuchaygan davrga to‘g‘ri keladi. Rossiya bilan bo‘lgan kelishmovchiliklarni tinch yo‘l bilan bartaraf etishda umidini uzmay, u Najmiddinxo‘ja boshliq ekchilarni Peterburgga jo‘natdi (1865-yil iyul). Biroq, ko‘zlangan maqasadga erishilmay, ikki o‘rtada harbiy harakatlar boshlandi. Muzaffar qo‘shini bilan general Romanovskiy boshchiligidagi Rossiya harbiy kuchlari o‘rtasidagi dastlabki to‘qnashuv Jizzax bilan Oratepa o‘rtasidagi Erjar(Maydayulg‘un) da bo‘lib, unda Buxoro qo‘shini mag‘lubiyatga uchragan(1866-y. 8-may). Muzaffar muftiy Muhammad Porso boshchiligidagi elchilarni Afg‘oniston va Hindiston orqali yordam so‘rab, Istanbulga yuborsa ham rad javobini olgan. 1868-yil 2-3-iyunda Zirabuloq jangida mag‘lubiyatga uchragach, 1868-yil 23-iyunda Samarqandda imzolangan Rossiya-Buxoro sulh shartnomasiga ko‘ra, Buxoro amirligi Rossiyaga tob` bo‘lib qolgan. O‘g‘li va valiahd Abdulmalik (Katta to‘ra) Rossiya bosqini va otasi hukmronligiga qarshi Shahrisabz va Kitobda qo‘zg‘olon ko‘targanda Muzaffar rus qo‘shinlari yordamida uni bostirgan (1870). 
Muzaffar davrida Buxoro amirligining Rossiyaga qaramligi kuchayishi bilan bir qatorda shialarning ta‘siri ham ortgan. Buxorodagi Eshon Imlo mozorida dafn etilgan.